Fue fundado en 1591 como un anejo dependiente de la parroquia de San Justo, cuya parroquialidad se había extendido notablemente hasta alcanzar el límite sur de la ciudad.

Según cuentan las crónicas, el anejo se estableció sobre una antigua ermita dedicada a San Millán Abad, y que situada en la calle Toledo dependía del Hospital de la Latina.

El templo fue reedificado en 1612 a expensas de la Parroquia de San Justo, y posteriormente se le agregó la Capilla mayor, financiada por la Congregación del Santo Cristo de las Injurias.

En 1676, la misma congregación mandó construir el retablo mayor, en donde se colocó la famosa imagen del Santo Cristo de las Injurias, en cuyo interior se custodiaban las cenizas de un crucifijo que unos judíos quemaron en 1630. Esta imagen, era la preferida por el Tribunal de la Inquisición para presidir los Autos de Fe en Madrid.

El 14 de marzo de 1720, todo el edificio fue reducido a cenizas por un terrible incendio, por lo que fue reconstruida de nueva planta siguiendo un proyecto de Teodoro Ardemans, colocándose de nuevo el Santísimo el 24 de septiembre de 1722.

Tras convertirse en parroquia independiente en 1805, fue derribada en 1869 durante los años del sexenio revolucionario para la apertura de la plaza de la Cebada, trasladándose su parroquialidad a la iglesia del antiguo convento de San Cayetano.

Observación: Bibliografía en la página de nuestra web El templo